Hoewel de naam het anders doet vermoeden, ligt dit departement niet aan de kust. De term 'côte' doelt op het reliëf en is verwant met de geologische term cuesta (reliëfvorm). Die naamgeving herkennen we ook in de wielersport, waar kleine hellingen ook 'côtes' genoemd worden. Binnen het departement ligt de gelijknamige cuesta Côte d'Or, waar zich ook een wijngebied bevindt. Het deel 'or' is geïnspireerd door de gouden kleuren van de wijngaarden die in deze streek van de Bourgogne in de herfst kenmerken. De naam werd in 1789 voorgesteld door Charles-André-Rémy Arnoult, lid van de Nationale Grondwetgevende Vergadering. De poëtische bijklank van de benaming 'Côte-d'Or' inspireerde meer dan een eeuw later de Franse dichter Stephen Liégeard om een deel van de Franse Middellandsezeekust 'Côte d'Azur' te noemen.